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木瓜蛋白酶是一種蛋白水解酶，分子量為23406，由一種單肽鏈組成，含有212個氨基酸殘基。至少有三個氨基酸殘基存在于酶的活性中心部位，他們分別是Cys25、His159和Asp158，當Cys25被氧化劑氧化或與金屬離子結合時，酶的活力被抑制，而還原劑半胱氨酸（或亞硫酸鹽）或EDTA能恢復酶的活力。另外六個半胱氨酸殘基形成了三對二硫鍵,且都不在活性部位。純木瓜蛋白酶制品可含有：（1）木瓜蛋白酶，分子量21000，約占可溶性蛋白質的10%；（2）木瓜凝乳蛋白酶，分子量26000，約占可溶性蛋白質的45%；（3）溶菌酶，分子量25000，約占可溶性蛋白質的20%；及纖維素酶等不同的酶。

化學性質

木瓜蛋白酶是一種在酸性、中性、堿性環境下均能分解蛋白質的蛋白酶。它的外觀為白色至淺黃色的粉末，微有吸濕性；木瓜蛋白酶溶于水和甘油，水溶液為無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機溶劑。木瓜蛋白酶是一種含巰基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，但幾乎不能分解蛋白胨。