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由于微生物種類多、繁殖快、易發生遺傳變異，具有比動植物更廣的作用p H、作用溫度范圍以及底物專一性，且微生物來源的脂肪酶一般都是分泌性的胞外酶，主要的發酵微生物有黑曲霉，假絲酵母等等。適合于工業化大生產和獲得高純度樣品，因此微生物脂肪酶是工業用脂肪酶的重要來源，一般不同來源的脂肪酶特性也不一樣并且在理論研究方面也具有重要的意義。

按脂肪酶對底物的特異性可分為三類：脂肪酸特異性、位置特異性和立體特異性。依據脂肪酶的來源不同，脂肪酶還可以分為動物性脂肪酶、植物性脂肪酶和微生物性脂肪酶。不同來源的脂肪酶可以催化同一反應，但反應條件相同時，酶促反應的速率、特異性等則不盡相同

脂肪酶是一類具有多種催化能力的酶，可以催化三酰甘油酯及其他一些水不溶性酯類的水解、醇解、酯化、轉酯化及酯類的逆向合成反應，除此之外還表現出其他一些酶的活性，如磷脂酶、溶血磷脂酶、膽固醇酯酶、酰肽水解酶活性等（Hara；Schmid）。脂肪酶不同活性的發揮依賴于反應體系的特點，如在油水界面促進酯水解，而在有機相中可以酶促合成和酯交換。