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果膠酶是水果加工中最重要的酶，應用果膠酶處理破碎果實，可加速果汁過濾，促進澄清等。應用其他的酶與果膠酶共同使用，其效果更加明顯，如秦藍等采用果膠酶和纖維素酶的復合酶系制取南瓜汁，大大提高了南瓜的出汁率和南瓜汁的穩定性。并通過掃描電子顯微鏡觀察南瓜果肉細胞的超微結構，顯示出單一果膠酶制劑或纖維素酶制劑對南瓜果肉細胞壁的破壞作用遠不如復合酶系。又如張倩等提出了一種新型果蔬加工酶—粥化酶（含有果膠酶、纖維素酶、半纖維素酶及蛋白酶等），可提高果蔬果汁的出汁率，增加澄清度，在果蔬加工中有廣闊的應用前景

本品最佳貯藏條件為4-15℃，一般為室溫貯藏，避免陽光直射。

果膠酶本質上是聚半乳糖醛酸水解酶,果膠酶水解果膠主要生成β-半乳糖醛酸,可用次碘酸鈉法進行半乳醛酸的定量,從而測定果膠酶活力。