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木瓜蛋白酶主要用于啤酒抗寒（水解啤酒中的蛋白質，避免冷藏后引起的渾濁）、肉類軟化（水解肌肉蛋白和膠原蛋白，使肉類軟化）、谷類預煮的準備、水解蛋白質和肉類香料的生產。在啤酒抗寒和肉類軟化方面的應用遠比其他蛋白酶類廣泛。用量一般為1～4mg/kg促使餅干中面筋的分解，以使成品松軟。

通過測定嫩肉粉中木瓜蛋白酶的酶活力大小，可判斷嫩肉粉質量優劣的參考依據：把嫩肉粉溶于鹽酸半胱氨酸溶液，取該混合液與酪蛋白溶液反應10min，用紫外分光光度法測得反應所生成酪氨酸的含量。該方法具有較好的準確性和重現性。以每分鐘水解酪蛋白生成1ug酪氨酸所需樣品的量為1個酶活力單位。在中國，木瓜種植主要分布在廣西的橫縣和邕寧縣等地，屬于廣西特產水果，因此，木瓜蛋白酶生產廠家主要集中在廣西南寧市，木瓜蛋白酶的生產和研究有將近20年的時間。