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 水解蛋白質肽鍵的一類酶的總稱。按其水解多肽的方式，可以將其分為內肽酶和外肽酶兩類。內肽酶將蛋白質分子內部切斷，形成分子量較小的月示和胨。外肽酶從蛋白質分子的游離氨基或羧基的末端逐個將肽鍵水解，而游離出氨基酸，前者為氨基肽酶后者為羧基肽酶。按其活性中心和最適pH值，又可將蛋白酶分為絲氨酸蛋白酶、巰基蛋白酶、金屬蛋白酶和天冬氨酸蛋白酶。按其反應的最適pH值，分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶和堿性蛋白酶。工業生產上應用的蛋白酶，主要是內肽酶胰蛋白酶能夠催化蛋白質的特定肽鍵水解，這個催化過程是不需要能量的，不會使酶失去活力，也不會改變形狀和使自身水解。底物與酶的活性中心的結合是可逆的，這種結合使得蛋白質特定肽鍵因彎曲變形而被活化，更易于受到水分子的攻擊，分別形成氨基和羧基而斷裂，得到小分子多肽或氨基酸。不同的蛋白酶可以作用在不同氨基酸相連組成的肽鍵，因此胰蛋白酶并不能作用在所有的肽鍵。