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納他霉素被用于，包括假絲酵母、曲霉菌、鐮刀霉等，也被用作眼藥水或者口腔藥劑中，在這些應用中，人體對納他霉素的吸收較少。口服時，基本沒有從胃被吸收，因此使它不適用為系統傳染的藥物。納他霉素在眼藥水中也有應用，其5%的納他霉素含量適用于微生物引起的真菌性瞼炎、和，包括腐皮鐮刀菌。

納他霉素——近白色或奶油黃色結晶粉末。是一種無臭、無味，低劑量且安全性高的食品防腐劑。納他霉素(Natamycin)，是由納他鏈霉菌受控發酵制得一種白色至乳白色的無臭無味的結晶粉末，通常以烯醇式結構存在。它的作用機理是與真菌的麥角甾醇以及其他甾醇基團結合，阻遏麥角甾醇生物合成，從而使細胞膜畸變，最終導致滲漏，引起細胞死亡。在焙烤食品用納他霉素對面團進行表面處理，有明顯的延長保質期作用。

溶解度：微溶于水，難溶于大部分有機溶劑。室溫下水中溶解度為30~100mg/L。pH低于3或高于9時，其溶解度會有提高，但會降低納他霉素的穩定性。