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 海藻糖有三種不同的正位異構體(Anomers)，即α，α-海藻糖(又叫蘑菇糖，Mycose)，α，β-海藻糖(新海藻糖，Neotrehalose)和β，β-海藻糖(異海藻糖，Isotrehalose)。海藻糖可以幾種固體形式存在，最常見的是二水化合物。海藻糖的穩定性比蔗糖好，與氨基酸、蛋白質等混合在加熱的條件Chemicalbook下，也不會發生美拉德反應。其溶解度約是蔗糖的2/3，滲透壓與蔗糖、麥芽糖等雙糖相同，甜度只有蔗糖的45%左右，留在口中的后味較清爽。含兩個結晶水的海藻糖不顯示吸濕性，而無水海藻糖結晶有非常強的吸濕性，后者可作為干燥劑使用。海藻糖不能使斐林試劑還原，也不能被α-糖苷酶水解，但在強酸條件下能被水解為兩個葡萄糖分子。

1.微生物抽提法微生物抽提法是以乳酸菌、酵母、霉菌及其它一些含海藻糖的菌體為提取源,首先通過干燥、改變滲透壓等方法處理菌體,使其體內積累更多的海藻糖,然后Chemicalbook經過乙醇等有機溶劑抽提、精制,從而得到較高純度的海藻糖晶體。這是傳統的海藻糖生產方法,由于酵母中海藻糖含量較高,可達細胞干重的20%,通常以酵母提取為主。