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 木瓜蛋白酶是一種含疏基(-SH)肽鏈內切酶，具有蛋白酶和酯酶的活性，有較廣泛的特異性，對動植物蛋白、多肽、酯、酰胺等有較強的水解能力，同時，還具有合成功能，能把蛋白水解物合成為類蛋白質。溶于水和甘油，水溶液無色或淡黃色，有時呈乳白色；幾乎不溶于乙醇、氯仿和乙醚等有機溶劑。PH值5.7(一般3～9.5皆可)，在中性或偏酸性時亦有作用，等電點18.75；溫度55～60℃(一般10～85℃皆可)，耐熱性強，在90℃時也不會完全失活；受氧化劑抑制，還原性物質激活。未經澄清就干燥的酶即為粗制酶。性狀木瓜蛋白酶為白色至淺黃色無定形粉末，有一定吸濕性，或為液體。溶于水和甘油，水溶液無色至淡黃色Chemicalbook，有時呈乳白色，幾乎不溶于乙醇，氯仿和乙醚等有機溶劑。用途木瓜蛋白酶適用于魚類、貝殼類等水產品的水解。應用木瓜蛋白酶主要應用于以下方面：Ⅰ、食品工業：利用木瓜蛋白酶的酶促反應，可把食品中大分子的蛋白質水解成易于吸收的小分子肽或氨基酸，廣泛適用于如：雞、豬、牛、海產品、血制品、大豆、花生等動植物蛋白酶解、肉類嫩化劑、酒類澄清劑、餅干松化劑、面條穩定劑、保健食品、醬油釀造及酒類發酵劑等，即可提高食品的營養價值，又可降低成本。